Der aus Curitiba stammende Brasilianer absolviert mit zwölf Jahren sein erstes Rennen im Kartsport und bleibt dort in verschiedenen Championaten bis 1992 aktiv. Höhepunkt ist der Gewinn der brasilianischen Meisterschaft im Jahr zuvor. Ab 1993 sammelt er weitere Erfahrungen in der brasilianischen Formel Chevrolet und steigt ein Jahr später in die Formel-3-Meisterschaft auf, die er auf dem fünften Gesamtrang beendet. 1995 vollführt Zonta einen ungewöhnlichen Kraftakt und startet sowohl in der heimischen wie auch in der südafrikanischen Formel-3-Meisterschaft. Er schließt in diesem Jahr beide Championate siegreich ab und bekommt 1996 einen Platz in der europäischen Formel 3000. Hier belegt er in seiner Premierensaison Rang vier im Gesamtklassement. Im Jahr darauf sichert er sich bereits den Meistertitel.
1998 engagiert das McLaren-Mercedes Formel-1-Team den hochtalentierten Brasilianer als Testpilot. Zudem bestreitet er im Mercedes-Benz CLK-GTR und CLK-LM Rennsportwagen die FIA-GT-Meisterschaft als Teampartner von Klaus Ludwig. Nach insgesamt fünf Laufsiegen und vier zweiten Plätzen gewinnt das Duo den Titel vor seinen Markenkollegen Bernd Schneider und Mark Webber.
Anschließend wird Zonta bis 2007 in der Formel 1 tätig, 1999 und 2000 bei BAR, 2001 als Testfahrer bei Jordan, ab 2003 in derselben Funktion für Toyota, wo er 2004 fünf Renneinsätze bekommt, und schließlich bei Renault. Nach Abschluss seiner glücklosen Formel-1-Laufbahn wechselt er in den Prototypensport und startet 2008 auf Peugeot bei den 24 Stunden von Le Mans.
Dann verlegt er den Schwerpunkt seiner Aktivitäten vorübergehend in die US-Rennszene und startet 2010 in der FIA-GT1-Weltmeisterschaft. In seinem Heimatland ist Zonta nach wie vor in der Tourenwagenserie Stock Car Brasil aktiv, teils in Personalunion als Fahrer und Teambesitzer.